תהליך הכנת החומץ מקורו בתסיסה בין אלכוהול, חיידקים ושמרים. החומץ הוא תוצר לוואי של הפטריה כמו כל טוקסין אחר ואינו רצוי בגוף האדם. בסופו של דבר החומץ גורם לעליית החומציות ברקמות והוא גורם לייצור ליחה בגוף. אלו בדיוק התופעות שאנחנו מנסים למנוע בזמן הטיפול בקנדידה. שני אלה יוצרים תנאים טובים להימצאות הפטרייה ולהתרבותה ולכן אנחנו מנסים להימנע מהמצב הזה.
*ניתן להחליף את החומץ ברטבים לסלטים במיץ לימון.
ישנו מצב יוצא דופן בו אנחנו ממליצים לצרוך חומץ תפוחים באופן חד פעמי. זהו מצב שבו יש הצטברות של ליחה במעיים לפעמים בגלל צריכת מוצרי חלב או מוצרים נוספים שמייצרים ליחה. הליחה עוזרת לפטריה להידבק לדפנות המעיים. במצב כזה בדיקת הצואה עלולה לצאת שלילית ואז נמליץ למטופל לפני הבדיקה החוזרת לשתות כף חומץ תפוחים מהולה בכוס מים. גם חומץ תפוחים גורם לחומציות גבוהה במעיים ומפריע לשיקום פלורת המעיים ולכן אינו מומלץ לצריכה בזמן דיאטת קנדידה.